2604.01607 TranspoScan: A Heterogeneous Graph Neural Network for Transposable Element Classification
宏基因組學資料中，轉座元素 (Transposable Elements, TEs) 的準確分類因序列片段化與物種多樣性而極具挑戰性。本筆記提出 TranspoScan，一個結合異質裝配圖 (heterogeneous assembly graph) 與圖注意力網路 (Graph Attention Network) 的分類框架，將三核苷酸頻率、ORF 蛋白域嵌入、覆蓋度剖面及圖結構嵌入四條特徵流融合，在七個 TE 超家族的分類任務上達到宏平均 F₁=0.891，推理速度較次優基準快 3.